«حوزه حتماً در مسیر نفوذ قرار دارد. البته ادعا نمی‌کنیم نفوذ در حوزه زیاد است اما در مسیر آن قرار گرفته‌ایم و امیدواریم بتوانیم بحث نفوذ را پیگیری کنیم.» اینها بخشی از سخنان مسئول مرکز امور صیانتی حوزه‌های علمیه است.

نهادی تازه‌تأسیس که وظیفه مقابله با ورود «مهره‌های دشمن» به حوزه یا جلوگیری از تأثیرگذاری‌شان بر روند پشیبرد اهداف این نهاد سنتی تعلیم آموزه‌های دینی و تربیت طلاب و مجتهدان را برعهده دارد و قرار است هشدارهای عالی‌ترین مقامات نظام و اظهار نگرانی‌های مسئولان رده‌بالا در این زمینه را با جدیتی بیش از گذشته پیگیری کند تا با «اطلاعات و آمار ثابت کند که دشمن دنبال چنین چیزی است.»
دی‌ماه ۱۳۹۷ و در جریان دیدار و سخنرانی هرساله رهبری انقلاب با حضور جمعی از مردم قم که با تأکید بر جایگاه این شهر به‌عنوان «شهر انقلاب، مرکز انقلاب و مادر انقلاب» آغاز و در ادامه به بیانات صریحی در زمینه «انگیزه‌ها و کِید دشمنان» برای «تغییر فضای انقلابی قم» بدل شد، نخستین هشدارهای جدی برای برنامه‌ریزی جهت مقابله با انگیزه‌های مخالفانِ فضای انقلابی این شهر به گوش مسئولان رسید: «نباید از کید و مکر و دشمنی دشمنان در جنبه‌ی فرهنگی غافل شد؛ مشغولند، انگیزه‌هایی دارند، عواملی را می‌فرستند؛ باید به این توجّه کرد. بزرگان قم، جوانان قم باید نگذارند تا دست‌های خائن، قم را از مرکزیّت انقلاب، از کانون انقلاب‌بودن بیرون بیاورند و این معانی را در آن کمرنگ کنند.»

به گزارش ایسنا، به دنبال همین بیانات بود که رفته‌رفته موضوع «نفوذ» در مذهبی‌ترین شهر ایران بدل به یکی از محورهای سخنرانی مسئولان و مجریان امور شد و حتی برخی رسانه‌ها هم تحلیل و گزارش‌هایی درباره آن منتشر کردند. مشرق‌نیوز در همان روزها در گزارشی مفصل از تلاش‌های آمریکا برای شکل‌دادن به «حوزه سکولار» یا «حوزه غیرسیاسی» گفت و به همراهی برخی از پژوهشگران علوم دینی در داخل ایران برای پیشبرد این هدف اشاره کرد و آنان را همدست و هم‌نوا با سیاست غربی‌ها در این زمینه دانست: «در سه چهار سال اخیر، برخی جریانات انحرافی به شدت در درون حوزه‌های علمیه فعال شده‌اند که شاید در وهله اول، مخالف یا در نقطه مقابل هم به نظر برسند، ولی در یک چشم‌انداز کلان‌نگر، کاملاً مشخص است که همه آن‌ها در یک هدف اشتراک دارند که همان سکولاریزاسیون حوزه و غیرایدئولوژیک کردن آن است و در واقع همه این جریان‌ها، میراث «اسلام سیاسی» حضرت امام (ره) را هدف قرار داده‌اند.» بخش پایانی این گزارش هم از جریان دیگر در این زمینه رونمایی کرد: «از سوی دیگر، جریان خزنده‌ای زیر لوای «فقه سنتی» در حال نضج گرفتن است که هدف نهایی آن جدا کردن حوزه از نظام و حداقلی کردن دخالت روحانیت در سیاست است و اتفاقاً پرچم آن هم «احیای مکتب نجف» است. از حوزه یکی از شهرهای مقدس، خبرهای متعددی از فعال‌شدن این جریان به گوش می‌رسد.»